|
|
Analysis of neurite directionality
Plišková, Diana ; Čmiel, Vratislav (oponent) ; Odstrčilík, Jan (vedoucí práce)
The thesis is focused on the design of a suitable method for analyzing the directionality of neurites. Fluorescence microscopy images of neurons were used. Prior to segmentation, the images had to be preprocessed, using contrast adjustment, sharpening, and adaptive filtering using a Weiner filter.The individual proposals of segmentation methods consisted of simple thresholding, area growth and the use of morphological operations. Subsequent directionality analysis used the direction of the gradients in the image. The proposed method was also used as a classifier, which was able to segregate the respective images into classes according to the direction of the growth.
|
|
|
Multiparametrická fluorescenční spektroskopie
Lacko, Kata ; Venerová, Tereza (oponent) ; Mravec, Filip (vedoucí práce)
Táto diplomová práca sa zaoberá možnosťami multiparametrickej fluorescenčnej spektroskopie, keďže hlavným cieľom tohto experimentu bolo vyhodnotiť možnosti multiparametrického merania v Laboratóriu fluorescenčnej spektroskopie. Na základe literárnej rešerše bola navrhnutá vhodná fluorescenčná sonda pre tento experiment, SNARF-4F AM, ktorá vykazuje vysokú citlivosť na zmeny pH prostredia. Fluorofor bol rozpustený v roztokoch s rozdielnym pH a tento systém bol skúmaný pomocou časovo rozlíšeného spektrofluorimetra. Metódou TRES (časovo rozlíšené emisné spektrá) boli preskúmané emisné spektrá fluorescenčnej sondy a nájdené emisné maximá. Pomocou parametra poklesu intenzity fluorescencie pri daných vlnových dĺžkach bola vytvorená dekonvolúcia emisného spektra, ktorá poskytovala informácie o dobe života a relatívnom zastúpení jednotlivých stavov fluorescenčnej sondy v roztoku. Neskôr, sonda bola rozpustená v roztokoch s odlišnou hustotou a pH – tento systém slúžil na anizotropické meranie, počas ktorého boli získané jednotlivé korelačno-rotačné časy fluoroforu. Získané výsledky potom slúžili ako podklad pre multiparametrickú analýzu, ktorá bola vykonaná pomocou fluorescenčného korelačného mikroskopu a spektrografu. Táto kombinácia umožňuje namerať potrebné fluorescenčné parametre v jednom kroku. Bol vytvorený štandardný operačný postup na ovládanie spektrografu. Na základe získaných informácií bola posúdená vhodnosť, presnosť a citlivosť multiparametrickej analýzy.
|
|
|
Bigely - příprava a charakterizace
Mušková, Alexandra ; Krouská, Jitka (oponent) ; Mravec, Filip (vedoucí práce)
Táto bakalárska práca sa zaoberá štúdiom bigélov, ktoré sú zložené z hydrogélu a oleogélu. Cieľom práce bolo pripraviť a charakterizovať bigély. Hydrogély boli pripravené na základe interakcie záporne nabitého tenzidu (Septonex) a kladne nabitého polyméru (hyaluronan). Oleogély boli pripravené zmiešaním neiónogenného tenzidu (sorbitan monopalmitát) so slnečnicovým olejom. Zmiešaním rôznych pomerov hydrogélu a oleogélu vznikol bigél. Jednotlivé bigély boli charakterizované pomocou fluorescenčného mikroskopu a reologických meraní. U pripravených vzoriek boli vykonané fluorescenčné pozorovania za použitia nílskej červene, perylénu, HPTS, ATTO 655 a fluoresceínu. Z reologických experimentov vyplýva, že čistý oleogél je v porovnaní s bigélmi a hydrogélmi najpevnejší a najtuhší. Preto čím viac oleogélu sa v systéme nachádza, tým je bigél pevnejší.
|
|
|
Spojování světla dvou zdrojů v integrační sféře
Mellová, Katarína ; Šicner, Michal (oponent) ; Dostál, Zbyněk (vedoucí práce)
Novo vyvíjaná generácia koherenciou riadeného holografického mikroskopu bude vybavená fluorescenčným modulom. Práca pojednáva o základných princípoch a aplikácii fluorescenčnej mikroskopie vrátane popisu holografického mikroskopu. Je vykonaná a vyhodnotená rešerš dostupných svetelných zdrojov používaných vo fluorescenčnej mikroskopii. Navrhnutý zdroj spája žiarenie o vybraných excitačných vlnových dĺžkach pomocou integračnej sféry, ktorá má navyše aj homogenizačný efekt. Touto inovatívnou konštrukciou je zabezpečená rýchla a efektívna zmena excitačných vlnových dĺžok, vzhľadom na použitý fluorofór a tiež možnosť priameho pripojenia zdroja k mikroskopu. Pre výber vhodného usporiadania zdroja sú navrhnuté tri ideové návrhy jeho fungovania. Vybrané návrhy boli overené simuláciou a boli vybrané vhodné optické komponenty. Výsledná konštrukcia je otestovaná.
|
|
|
Analysis of neurite directionality
Plišková, Diana ; Čmiel, Vratislav (oponent) ; Odstrčilík, Jan (vedoucí práce)
The thesis is focused on the design of a suitable method for analyzing the directionality of neurites. Fluorescence microscopy images of neurons were used. Prior to segmentation, the images had to be preprocessed, using contrast adjustment, sharpening, and adaptive filtering using a Weiner filter.The individual proposals of segmentation methods consisted of simple thresholding, area growth and the use of morphological operations. Subsequent directionality analysis used the direction of the gradients in the image. The proposed method was also used as a classifier, which was able to segregate the respective images into classes according to the direction of the growth.
|
|
|
Bigely - příprava a charakterizace
Mušková, Alexandra ; Krouská, Jitka (oponent) ; Mravec, Filip (vedoucí práce)
Táto bakalárska práca sa zaoberá štúdiom bigélov, ktoré sú zložené z hydrogélu a oleogélu. Cieľom práce bolo pripraviť a charakterizovať bigély. Hydrogély boli pripravené na základe interakcie záporne nabitého tenzidu (Septonex) a kladne nabitého polyméru (hyaluronan). Oleogély boli pripravené zmiešaním neiónogenného tenzidu (sorbitan monopalmitát) so slnečnicovým olejom. Zmiešaním rôznych pomerov hydrogélu a oleogélu vznikol bigél. Jednotlivé bigély boli charakterizované pomocou fluorescenčného mikroskopu a reologických meraní. U pripravených vzoriek boli vykonané fluorescenčné pozorovania za použitia nílskej červene, perylénu, HPTS, ATTO 655 a fluoresceínu. Z reologických experimentov vyplýva, že čistý oleogél je v porovnaní s bigélmi a hydrogélmi najpevnejší a najtuhší. Preto čím viac oleogélu sa v systéme nachádza, tým je bigél pevnejší.
|
|
|
Multiparametrická fluorescenční spektroskopie
Lacko, Kata ; Venerová, Tereza (oponent) ; Mravec, Filip (vedoucí práce)
Táto diplomová práca sa zaoberá možnosťami multiparametrickej fluorescenčnej spektroskopie, keďže hlavným cieľom tohto experimentu bolo vyhodnotiť možnosti multiparametrického merania v Laboratóriu fluorescenčnej spektroskopie. Na základe literárnej rešerše bola navrhnutá vhodná fluorescenčná sonda pre tento experiment, SNARF-4F AM, ktorá vykazuje vysokú citlivosť na zmeny pH prostredia. Fluorofor bol rozpustený v roztokoch s rozdielnym pH a tento systém bol skúmaný pomocou časovo rozlíšeného spektrofluorimetra. Metódou TRES (časovo rozlíšené emisné spektrá) boli preskúmané emisné spektrá fluorescenčnej sondy a nájdené emisné maximá. Pomocou parametra poklesu intenzity fluorescencie pri daných vlnových dĺžkach bola vytvorená dekonvolúcia emisného spektra, ktorá poskytovala informácie o dobe života a relatívnom zastúpení jednotlivých stavov fluorescenčnej sondy v roztoku. Neskôr, sonda bola rozpustená v roztokoch s odlišnou hustotou a pH – tento systém slúžil na anizotropické meranie, počas ktorého boli získané jednotlivé korelačno-rotačné časy fluoroforu. Získané výsledky potom slúžili ako podklad pre multiparametrickú analýzu, ktorá bola vykonaná pomocou fluorescenčného korelačného mikroskopu a spektrografu. Táto kombinácia umožňuje namerať potrebné fluorescenčné parametre v jednom kroku. Bol vytvorený štandardný operačný postup na ovládanie spektrografu. Na základe získaných informácií bola posúdená vhodnosť, presnosť a citlivosť multiparametrickej analýzy.
|
host ::
RSS.